“草”，指中草藥的三種名稱，自然生態的世間百草、被賦予醫藥價值與人文精神的本草、被用以救死扶傷的藥草。全園使用超過500余種中草藥植物，以百草、本草、藥草之間的遞進關系為主要脈絡對其進行設計分區，作為串接全園的主要線索，展示中華本草的形象與氣質。“百草園”園名由99歲的國醫大師顏正華親題，電視劇《老中醫》中的孟河醫派的代表醫家。

百草園制高點，“百草芊山”，下面種植的是板藍根、報春花、平貝母等已經栽植完成。整個展覽的會期將有五次更換中草藥種植的品種，每次將更換6—8種，所以每個月“百草芊山”展現的面貌都是不同的。

為了讓中醫藥文化淺顯易懂,百草園的名方藥苑就通過種植本草和埋標本的方法,向游人展示了藿香正氣水、六味地黃丸、八珍湯等八劑老百姓耳熟能詳的著名方劑。之前大家可能看到都是一些藥品，現在在名方藥苑就可以看到活生生的植物組成的藥方。

在藥草成材區，有一個中藥故事園的浮雕墻，在這個浮雕墻上可以看到神農嘗百草的故事，皇帝內經的中醫藥典注一些特節選的片段。以凹形空間結合擋土墻展示的五禽戲、八段錦等功法分解圖，全部真人大小，游客可以走進凹形空間模擬功法動作，有趣又好玩。

從空間和時間的兩個維度上，都進行了一個精細的篩選，從空間上有溫室區、山坡、沙漠、廊架，為這些中草藥提供了一個適合生長的環境。這些中草藥植物，所需的土壤大多都是弱酸性的，每一種的配比也是不盡相同，土地的分割和選擇上也不同。另外，還有專門的中草藥管理團隊和專家，在中草藥的養護和種植上給出很多重要的意見。